그렇지만 1886년 7월 초순에 유행했던 진성 콜레라는 사정이 달랐다. 이때는 부산에서 콜레라가 유행했다.
우선 알렌은 물을 끓여먹고 유황을 태우고 석회를 뿌려 가옥 구내를 청결히 하라는 내용의 포고를 내리도록 고종에게 요청했다.
이에 조선정부는 석회를 무료로 배급해 하수도와 집 주위에도 뿌리게 했다.
마침내 7월15일 한양에서 콜레라 환자가 발생했다. 위생에 신경을 쓰지 않고 익지 않은 것을 먹은 사람들이 병에 걸렸다.
콜레라로 진단 받게 되면 아무도 치료하지 않고 죽도록 내버려두었다. 콜레라는 매우 악성이어서 대개 수시간 이내에 죽고 일부만이
그나마 다음날까지 목숨을 유지했다. 따라서 유행이 갓 시작되었을 때 왕진을 가보면 불과 2~3시간도 되지 않아 환자는 이미 사망한 경우가 많았다.
실제로 제중원 당시의 조선인들은 콜레라가 악마 때문에 발생하는 것이라고 믿었다.
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